Niestety zabieg in vitro może odbić się na zdrowiu i samopoczuciu kobiety. Stymulacja hormonalna jajników może wywołać brak apetytu, wymioty i nudności, ale także co gorsze, może spowodować bolesne obrzmienie narządów rodnych, czyli zespół hiperstymulacji jajników. Tego typu powikłania prowadzą do bólów brzucha, gwałtownego wzrostu wagi, wymiotów, a nawet zaburzeń w oddychaniu. Inne skutki uboczne poddania się temu zabiegowi to także zwiększone ryzyko przerwania naczyń krwionośnych, infekcje, uszkodzenie jelit, a także pęcherza moczowego podczas wykonywanych zabiegów.
Według szacunków jedynie ok. 20% do 30% wykonywanych zabiegów jest skutecznych, co wiąże się min. z wiekiem matki. Pacjentki powyżej 35 roku życia poddające się in vitro zachodzą w ciążę jedynie w 28% przypadkach, a w wieku 45 jedynie w 5%. Ta sama osoba do zabiegu podchodzi średnio trzy razy, co zwiększa szansa na pomyślne zakończenie.
Zabieg in vitro ze względu na konieczność umieszczenia zarodka drogą zabiegową, zwiększa ryzyko spontanicznego poronienia o 20-34%. Zapłodnienie tą drogą zwiększa jednak szanse na wystąpienie ciąży mnogiej. Dzieci, które otrzymują życie drogą in vitro rozwijają się prawidłowo, jednak są narażone na poród przed planowanym terminem i z niższą masą ciała, czego powodem są min. ciąże mnogie. Na stan zdrowia dziecka może też mieć wpływ wiek matki, a także wieloletnie leczenie niepłodności co osłabia organizm kobiety.
